GEDMatch在多试剂盒分析中的比较矩阵概述
在GEDmatch中,有一个称为多试剂盒分析工具的工具。作为一部分
在这个工具中,有一个功能可以让我们比较多个人
同时给很多人。这是通过一个叫做矩阵的特性实现的。
如何用矩阵工具比较DNA匹配
我们可以用多种方式观察不同的人。步骤中所示的步骤视频列表如下.
访问您的GEDmatch标签组。
选择标签组
单击可视化该组。
一旦你点击可视化,你有几个选项来比较你的DNA结果与其他人。我们今天谈论的是矩阵选项卡。
单击矩阵选项卡
选择矩阵视图
来观看GEDmatch矩阵概述,观看下面的视频。
有六种不同的矩阵可供选择。
常染色体矩阵
代矩阵
X-DNA矩阵
重叠的矩阵
完全相同SNP矩阵
完全相同区域厘米器官矩阵比较
每一种比较都有一些有用的信息,你可能想在你的研究中使用。
常染色体基质比较
我经常把所有的预设设置都保留为默认设置。在我选择一个标签组后,我在侧面看到该组中所有人的列表,并且在顶部有一个相同的人的列表。
在这些盒子的每一个交叉点上,这就是这两个人共享的DNA的数量。
你可以看到两个相同的人相交的地方,你有这个灰框。这将是一条对角线贯穿整个矩阵因为他们是相同的人。我们更关心的是这个人如何与另一个人匹配。
请注意,结果是根据匹配的密切程度进行颜色编码的。如果火柴是父母或兄弟姐妹,它们将是绿色甚至深绿色。如果它们是第一、第二或第三表兄妹,你会看到橙色和黄色。
如果它们离得很远,就会变成红色。如果没有共同的DNA,那么
方块是空的。
在自动集群之前,我将使用这个工具开始创建集群。我会把它下载到电子表格中,然后移动所有东西来创建我自己的集群。我还在用这个因为很多DNA数据
共享的器官非常有价值。
代数矩阵比较
代数矩阵看起来几乎与常染色体矩阵比较相同。它是侧面的人员列表,顶部的人员列表,以及交叉框。
这个矩阵没有显示有多少共享的厘米器官,而是显示了去除的DNA匹配是多少代。
这是另一种帮助开始形成基因集群并了解人们可能有何关联的方法。
X-DNA比较
X-DNA比较将看起来非常类似于前面的矩阵,但这个工具只显示您的X-DNA匹配。
在视频中,我展示了我祖父的矩阵。因为他是男性,他只接受了一条X染色体,那是来自他的母亲。他所有的X-DNA比对结果都是他的母系。他的实验结果与之相当。
在某些情况下,你可以根据两个匹配的X染色体上共享的DNA数量来确定母子关系。有些匹配可能足够显著,15个或更多厘organ,你可能能够找出关系取决于常染色体DNA显示的关系的距离有多远。
重叠矩阵比较
现在我不觉得重叠矩阵比较有用。然而,如果你想看看不同的套件如何相互匹配,以及哪些套件最有可能有良好的匹配,你可能会使用重叠矩阵比较。
重叠矩阵显示了这两种试剂盒共有多少个snp。如果你想了解更多关于这个主题的信息,请阅读这篇文章重叠基因如何影响GEDmatch结果?
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完全相同的snp
完全相同snp和完全相同区域矩阵主要用于试图确定哪些套件是父母/孩子或哪些套件是相同的人。
完全相同SNP比较比较所有完全相同的SNP,以及任何两个人之间所有SNP完全相同的比例。现在你可能会认为当两个人不同时,他们不会共享很多snp。事实上,大多数人可能有大约一半到三分之二的snp与其他人相同。
如果我看到几乎所有相同的snp都是相同的,那么结果要么来自同一个人,要么来自双胞胎。在视频中,我实际上演示了测试是如何揭示我的虚构的双胞胎菲尔结果和我差不多。
相比之下,我父亲和我有大约三分之二的snp是相同的。这就证实了亲子关系。
完全相同Centimorgan矩阵比较
这个矩阵比较的是完全相同的套件,不是一半相同,而是完全相同的区域。所以你可以很快看出哪些是兄弟姐妹,哪些是同一个人。
你可以检查你的结果,看看你和你的大家庭成员有多少相同的DNA。就我而言,我把自己比作我父亲的兄弟姐妹。
在这个矩阵中,我看不到亲子关系。
你的研究问题将决定你是否使用完全相同CM
矩阵或完全相同SNP矩阵
多试剂盒分析是一种高级工具
矩阵是同时开始分析多个匹配的好方法。多套件分析工具是一级工具。所以你必须订阅GEDmatch网站才能使用它。但是,包含在多试剂盒分析工具中的矩阵选项值得订阅GED匹配。
更多使用GEDmatch的技巧
探索下面的博客文章,继续你的遗传家谱教育。