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  • 安迪李

用于多试剂盒分析的染色体和片段工具

您是否一直在使用GEDmatch,并对多试剂盒分析感到困惑,想知道该工具将为您做什么?了解一些染色体和片段部分,以同时比较多个套件。


什么是多试剂盒分析工具?


GEDmatch多试剂盒分析工具可能令人困惑。然而,很简单,多试剂盒分析做的正是它所说的。它允许您一次分析多个套件。


我不得不说,这个工具本身就值得你每月支付GEDmatch 10美元,因为它的一部分工具可以为你做很多事情,这些事情需要你自己花几个小时去做。


  • 使用Tier 1帐号登录GEDmatch。

  • 输入您希望比较的套件编号。


您可以直接键入或单击下一个框,这是您管理的所有套件。你可以选择其中任何一个。


我最喜欢用它的方式是标签组选择


我可以选择我已经创建的任何标签组,它会自动将这些工具包加载到Multiple Kit Analysis工具中。


染色体和片段多试剂盒分析工具


实际上有五个工具:

  • 段搜索

  • 三角测量

  • 2D染色体浏览器

  • 3D染色体浏览器

  • 紧凑段映射器


使用标记组,我将在下面的视频


对于每个工具,我将保留默认值7厘摩根。但是,我点击了“防止硬伤”。


虽然上面的顺序显示了GEDmatch如何安排这些工具,但我将按照我使用它们的顺序讨论它们。



观看GEDmatch矩阵概述,观看下面的视频。



紧凑段映射器


使用此工具,您将看到标签组中的每个人。每个人会有不同的颜色或不同的格式。有些人会有交叉的标记,而另一些人会卖掉颜色。


这个工具显示了哪些人与主要人物或标签组的最高人物有共同之处。


有时您会看到浅蓝色和深蓝色的套件,以指示共用许多分段的套件。其他颜色,比如粉色和紫色,可能会共用一两个片段。紧凑的段映射器可以让你在一个非常紧凑的地方看到多人的匹配和所有的段。


这是一个很好的起点。用你认识的有关系的人组成一个标签组来观察更多特定的人。例如,我可能想要观察三个人,因为他们似乎在同一区域共享一个DNA片段。这是开始三角测量的好地方。


另一组可能有四个人有不同的重叠部分,但都在同一个区域。


简而言之,紧凑段映射器允许您查看有多少匹配排队,类似于一对一比较工具,但只有您的标签组。


3D染色体浏览器


这个工具不仅仅是将一个人与其他所有人进行比较,而是将每个人与其他所有人进行比较。组中的人越多,其中一些页面运行所需的时间就越长。


工具运行后,您将看到一些表,其中提供了一些底层信息。

  • 人与人之间共享多少段?

  • 人与人之间共有多少厘organ ?

  • 每个染色体上有多少段是共享的?


你真正想看到的是3D染色体浏览器。


在3d浏览器中,你可以旋转X轴和y轴。这可以让您看到不同的连接排列在哪里。上面会有人,边上也会有人。


您可以更改为按染色体查看。一些染色体在不同的区域有不同的人。颜色表示它们的匹配大小。


浏览器从表中获取信息并将其绘制成图形。有些人可能会觉得这种观点难以接受。我其实不怎么用3D染色体浏览器。但是一些视觉爱好者喜欢以这种方式查看他们的数据。


2D染色体浏览器


这个工具类似于我们最初看到的Compact Segment Mapper。这个工具比较一个人,我们的主要人物,和标签组中的其他人。不同之处在于,这个视图将信息按段大小、起始点和端点分割。你可以看到共享片段在染色体上的位置。


三角测量工具


这个分段工具类似于您可以从GEDmatch主页获得的三角测量工具。不同之处在于,您只展示了标签组或您在多套件分析中输入的任何套件。


结果从你的主要人物开始。然后你会看到每个套件有两根火柴——第一根火柴和第二根火柴。


第一个匹配和第二个匹配都与主要人物匹配,但它们也相互匹配。结果会显示它们在哪里相互匹配。


段搜索


您也可以从GEDmatch主页使用分段搜索。但同样,您正在比较来自标签组或您已输入的多个套件。


这种分析通过每条染色体来发现匹配的片段。


对于每个结果,您将看到染色体数以及开始和结束位置。然后你会看到每一个器官之间的厘米器官的数量。


好在这个工具上有一个图形显示。


你开始看到这些不同的人有相同的部分。你可以开始发现一些潜在的三角测量点。


不可否认,你也可以使用三角测量工具来观察。


↪️对DNA和家谱感到困惑?

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尝试染色体和段工具


这是多试剂盒分析的染色体和片段部分的五个工具。您不必使用标签组来使用这些工具。您可以手动输入套件编号。


multi Kit Analysis有很多工具,很容易混淆,所以慢慢来。开始尝试每一个,看看结果,看看哪些有助于你的基因研究。


更多使用GEDmatch的技巧


探索下面的博客文章,继续你的遗传家谱教育。

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